1956年,原重工业部地质局南京地质勘探公司闽南普查队和原重工业部华东分局806队进驻福建开展地质工作;

1958年,下放给福建省;

1975年,组建福建省冶金地质勘探公司;

1984年,划归冶金部直属，更名为冶金部福建地质勘探公司;

1988年,更名为冶金部第二地质勘探公司;

1990年,更名为冶金部第二地质勘查局;

2001年,更名为中国冶金地质勘查工程总局二局，隶属中央企业工委;

2003年,隶属国务院国资委管理的中国冶金地质总局;

2006年,更名为中国冶金地质总局二局;

2021年,福建冶地恒元集团有限公司成立，作为二局平行公司。